General Ruben Dario Alzata ble bortført søndag ettermiddag sammen med en annen militærtjenestemann og en sivil person.
– I morgen skulle forhandlere reise til Havana for å ha en ny runde med samtaler, sa president Santos sent søndag.
– Jeg kommer til å si at de ikke skal dra og at samtalene er avlyst inntil disse personene blir frigitt, sier han.
Generalen ble tatt til fange etter at han gikk i land fra en båt nær byen Quibdo under et besøk til et område hvor det foregår et energiprosjekt, opplyser forsvarsminister Juan Carlos Pinzon.
De to andre som ble tatt til fange, hadde også vært på båten.
Fredssamtalene har som mål å forsøke å få en slutt på den 50 år lange konflikten i landet.
Les:
Les: