Demonstrantene beskylder den Qatar-baserte kanalen for løgn og overdrivelser i sine omtaler av protestene.
Kontrollerer mediedekningen
«Al Jazeera, en jødisk satellittkanal» og «Qatars folk, styr deres emir» var blant slagordene på plakatene til regimetilhengerne, som også bar på fotografier av president Bashar al-Assad.
Syriske myndigheter har hatt streng kontroll med mediedekningen av uroen siden de voldsomme protestene brøt ut i midten av mars.
Siden svært få utenlandske journalister kommer seg inn i Syria må internasjonale medier i stor grad sette sin lit til amatørvideoer som demonstranter selv har lagt ut på sosiale nettsider som YouTube og Facebook.
Statlige syriske medier beskylder jevnlig satellittkanaler som Al Jazeera, Al Arabiya og BBC for å forfalske bilder uten å sjekke kilder.
Statlige medier har på sin side ikke dekket protestene som har rystet mange byer rundt om i Syria og kostet nærmere 600 mennesker livet.