I Tsjad ville Habre blitt stilt for retten for forbrytelser begått mens han var president på 1980-tallet.
Den senegalesiske snuoperasjonen skjer etter hardt press fra FN og EU, som frykter for Habres sikkerhet i Tsjad.
Den tidligere presidenten ble i 2008 dømt til døden av en tsjadisk domstol for forbrytelser mot menneskeheten.
Habre ble dømt in absentia ettersom han har vært i eksil i Senegal de siste 20 årene.
Han ble styrtet av Tsjads nåværende president, Idriss Déby, i 1990.
FNs menneskerettighetssjef Navi Pillay ba i en uttalelse tidligere søndag innstendig om at Senegal revurderte sin beslutning om å sende 69-årige Habre tilbake til hjemlandet.
Hun mener det ikke finnes garantier for at Habre vil bli stilt for en rettferdig domstol.
Det internasjonale samfunnet krever at Habre enten må bli stilt for retten i Senegal, eller at han blir utlevert til et land som er villig til å gi ham en rettferdig rettssak.