Israelsk politi mener det dreier seg om et selvmord, men kollegaen som fant ham, hevder liket bar preg av å ha blitt utsatt for vold.
Bussjåførens sjef fant liket hans på en bussholdeplass i Har Hotzvim, et industriområde i Vest-Jerusalem, opplyser israelsk politi.
Den 32 år gamle tobarnsfaren kom fra Al-Tur i det annekterte Øst-Jerusalem, og mannens familie nekter for at han tok sitt eget liv.
Men ingenting i obduksjonen tyder på at det ligger noe kriminelt bak dødsfallet, ifølge politiets talsperson Luba Samri som uttalte seg mandag ettermiddag.
Rykter om at bussjåføren ble drept av jødiske ekstremister, spredte seg like fullt raskt i palestinske medier, og det brøt ut kamper mellom demonstranter og politi i bydelen Abu Dis i palestinske Øst-Jerusalem.
Demonstrantene brant bildekk og kastet steiner mot israelsk politi, som svarte med tåregass, melder nyhetsbyrået AFP.
Enkelte demonstranter forsøkte også å rive ned deler av betongmuren som Israel har bygget gjennom bydelen.
Flere tusen mennesker fulgte bussjåføren til graven i Abu Dis. Enkelte ropte der slagord om hevn.
Det har de siste månedene vært svært urolig i den delte byen.