Schavan kunngjorde dette på en pressekonferanse med statsminister Angela Merkel lørdag. Flere medier omtaler saken som en stor skandale for Merkel.
Avgjørelsen om å trekke seg skal ha kommet etter at universitetet i Düsseldorf tidligere denne uken konkluderte med at deler av doktorgradsoppgaven hennes var «systematisk og med vilje» kopiert fra andre.
Schavan avla doktorgraden for over 30 år siden, men den ble trukket tilbake av universitetet denne uken. Schavan har varslet at hun vil kjempe mot dette i retten.
– Jeg vil ikke akseptere denne avgjørelsen, og jeg vil gå til rettslige skritt mot dette, sa Schavan til journalister på pressekonferansen.
– Når en utdanningsminister saksøker et universitet, kommer det med store påkjenninger, for mitt kontor, for regjeringen, og for Kristendemokratene (Schavans parti, journ. anm.). Derfor går jeg av, sier Schavan.
I den tyske regjeringen er Schavan blitt regnet som en nær alliert av statsminister Angela Merkel. Schavan var i pressekonferansen tydelig på at hun gikk av fordi hun ikke ville gjøre plagiatskandalen til et ubehagelig tema fram mot parlamentsvalget 22. september.
Merkel sier hun godtar Schavans oppsigelse med «tungt hjerte».
Schavans oppsigelse kommer to år etter at den daværende forsvarsministeren Karl-Theodor zu Guttenberg mistet sin doktorgrad og gikk av etter at det ble oppdaget at store deler av hans avhandling var et plagiat, skriver nyhetsbyrået AP.