Det er etter et hastemøte i samarbeidsorganisasjonen Alba (Alianza Bolivariana de las Américas) at landene kom med en felles uttalelse.
Politi og hær bruker i kveld tåregass for å spre folkemassene som har samlet seg i hovedstaden.
Det er ventet at Zelaya vil tale i FNs hovedforsamling i tirsdag ettermiddag, norsk tid.
- Vi vil kun forholde oss til Zelayas administrasjon, sier den ecuatorianske utenriksministeren Falder Falconi.
Det er Ecuador, Bolivia, Nicaragua og Cuba som har gått sammen i kravet om å straks gjeninnsette Zelaya.
FN og USA fordømmer
Tidligere mandag fordømte også FNs generalsekretær Ban Ki-moon kuppet mot president Manuel Zelaya.
– Han uttrykker sin sterke støtte til landets demokratiske institusjoner og fordømmer arrestasjonen av republikkens konstitusjonelle president, sa en talsmann for Ban søndag.
USA fordømmer i dag kuppet, men ber landene i regionen om ikke å gripe inn, etter at Venezuelas president Hugo Chavez truet med å bruke militæret mot kuppmakerne.
- Det internasjonale samfunn har nå som topp-prioritet å gjenopprette demokrati i Honduras, sier USAs utenriksminister Hillary Clinton.
Ønsket mulighet for gjenvalg
Zelaya ønsket å gjennomføre en rådgivende folkeavstemning i forkant av presidentvalget som holdes i november. Opininonen skulle vise om en grunnlovgivende forsamling med mandat til å skrive ny grunnlov var velkommen eller ikke. Presidenten har i dagens grunnlov fra 1982 ikke mulighet for gjenvalg.
Den rådgivende folkeavstemningen skulle ha funnet sted søndag. Men den har møtt stor motstand i militæret og er også blitt kjent ulovlig av honduransk høyesterett.
I forrige uke avskjediget Zelaya forsvarssjefen i landet. Forsvarssjef Romeo Vasquez nektet å lyde presidentens ordre om å gjennmføre den rådgivende folkeavstemningen. Ifølge dagens grunnlov er den praktiske delen militært ansvarsområde.
Presidenten godkjente også forsvarsminister Edmundo Orellanas avgang. Orellana trakk seg etter at militære ledere nektet å distribuere valgurner til søndagens avstemning.
Les også:
Torsdag stemte høyesterett for å gjeninnsette Vasquez, og hundrevis av soldater samlet seg i hovedstaden Tegucigalpa.