McGonigal ble pågrepet på JFK-flyplassen i New York lørdag, da han vendte hjem fra en reise i Midtøsten.
De angivelige sanksjonsbruddene skal omfatte hvitvasking av penger.
Påtalemyndigheten mener McGonigal fikk betalt av den russiske oligarken Oleg Deripaska for å etterforske en rivaliserende russisk oligark, ifølge NBC News.
McGonigal nekter straffskyld.
Milliardæren og Putin-vennen Deripaska er mannen som NRK tidligere har omtalt i forbindelse med fisketurer med yachten Elden i Moldefjorden.
Skal ha samarbeidet med Putin-venn
McGonigal jobbet i FBI fra 1996 til 2018, og hadde kontraspionasje mot Russland og organisert kriminalitet som arbeidsfelt.
Ulovligheten skal ha skjedd tre år etter at han sluttet i FBI.
Deripaska grunnla aluminiumsgiganten Rusal og er blant dem som er rammet av de vestlige sanksjonene mot Russland.
McGonigal skal ha forsøkt å skjule Deripaskas involvering gjennom skallselskaper, forfalskede signaturer og andre midler. To andre personer er også involvert, ifølge påtalemyndigheten.
McGonigal er også siktet for å ha mottatt over 2 millioner kroner i kontanter fra en agent i en annen sak.
– Burde ha visst bedre
– Anklagene går ut på at Charles McGonigal, som tidligere var en høytstående embetsmann i FBI, og Sergeij Sjestakov, som er tolk i rettsvesenet, brøt amerikanske sanksjoner ved å yte tjenester til Oleg Deripaska, en russisk oligark på sanksjonslisten.
– Begge har tidligere jobbet med Deripaska for å forsøke å få sanksjonene mot ham fjernet. Som offentlige tjenestemenn burde de ha visst bedre, sier påtalemyndighetens representant Damian Williams til NBC News.
Assisterende FBI-sjef Michael Driscoll sier sanksjonsreglene må overholdes av alle for at de skal ha noen effekt.
– Det finne ikke unntak for noen, heller ikke en tidligere FBI-leder som Mr. McGonigal, sier Driscoll, ifølge Reuters.
Sanksjoner
USA innførte i 2018 sanksjoner mot Deripaska.
Finansdepartementet opplyste da at Deripaska var gransket for hvitvasking av penger, utpressing og organisert kriminalitet, og at han også var anklaget for å ha bestukket en tjenestemann, gitt ordre om drap på en forretningsmann og hatt bånd til en kriminell russisk gruppe, ifølge NTB.
Deripaska saksøkte i 2019 finansdepartementet, og hevdet at han hadde tapt milliarder på grunn av sanksjonene, men søksmålet ble avvist av en føderal domstol.
Deripaska skal også ha hatt nære forbindelser til Paul Manafort, lederen for Donald Trumps valgkamp i 2016, som ifølge rettspapirer ga Deripaska informasjon og målingsdata fra kampanjen.
Manafort ble dømt til sju års fengsel for økonomisk kriminalitet, men ble benådet av Trump.