Myndighetene sier de vil finne eventuelle militante geriljamedlemmer.
Flyktningene har vært om bord på MV Sun Sea i flere måneder mens skipet har krysset Stillehavet.
- Les også:
Svarte vinduer
Skipet ble eskortert inn til en canadisk flåtebase utenfor Vancouver fredag etter at mannskaper fra et canadisk marinefartøy tok kontroll over det utenfor Vancouver natt til fredag.
En fregatt og politihelikoptre fulgte skipet til havn, og canadiske myndighetspersoner sto på dekk iført ansiktsmasker.
På land ventet busser med svartmalte vinduer på å frakte flyktningene til en midlertidig fangeleir.
490 flyktninger
Et nærliggende sykehus, Victoria General Hospital, opprettet et spesialmottak og en særskilt avdeling for eventuelle syke blant flyktningene.
Ifølge skipets kaptein var det om lag 490 flyktninger om bord, flere av dem kvinner og barn. Canadiske myndigheter frykter imidlertid at medlemmer av geriljagruppen LTTE gjemmer seg blant flyktningene.
Blant flyktninger og asylsøkere i Canada reagerer en del på det man oppfatter som sniking i køen. De tamilske flyktningene på skipet har fått stor oppmerksomhet, mens tusener av andre venter på sin tur.
Mistenker
Vic Toews, minister for offentlig sikkerhet, sier han mistenker at noen av flyktningene er menneskesmuglere og terrorister.
– Alle som eventuelt har vært delaktig i menneskesmugling, vil bli stilt for retten, advarer han.
Skipet seiler under thailandsk flagg, og kom inn i canadisk farvann onsdag.
Toews har tidligere opplyst at myndighetene har fulgt skipets bevegelser i minst to og en halv måned mens det har krysset Stillehavet, og at man har en viss ide om hvem som er om bord.