Ifølge BBC News har valgmaskinene problemer med å bevise gyldigheten til opp mot 100.000 stemmer, derfor blir de trolig kjent ugyldig.
Alex Salmond, som er leder av det skotske nasjonalistpartiet SNP, kalte det en stor feil å legge de to valgene til samme tid.
- Titusenvis av stemmer er ugyldige. Det er totalt uakseptabelt for et demokratisk samfunn, sier Salmond.
Fremgang for de konservative
De foreløpige resultatene fra kommune- og regionalvalgene i Storbritannia viser fremgang for de konservative i England og for nasjonalistene i Skottland på Labours bekostning.
Da 64 av 129 plasser i den skotske selvstyreforsamlingen var fordelt, hadde Labour mistet 6 plasser og nasjonalistene fått 8. Hvis nasjonalistene får flertall, kan dette åpne for en folkeavstemning om full skotsk uavhengighet i 2010.
Trøbbel med frakten
I England er de konservative den foreløpige vinneren etter at 5300 kommunestyreplasser er fordelt. De konservative har så langt kapret 232 plasser nye plasser i de engelske kommunestyrene, mens Labour har mistet 140 og Liberaldemokratene har måttet gi fra seg 103.
Selve opptellingen av de skotske velgernes stemmer har også møtt på flere problemer. Et helikopter som skulle frakte valgurner, kunne ikke lette på grunn av tåke. En båt som skulle frakte stemmesedler fra den skotske øya Arran fikk motorstopp, og en mann angrep valgurner med en golfkølle og ble arrestert av politiet.
De endelige valgresultatene ventes å være klare i ettermiddag.