Da stemmene fra drøyt halvparten av valglokalene var talt opp søndag, ga prognosene Santos 69,21 prosent oppslutning.
Resultatet var ikke uventet. Avtroppende president Alvaro Uribe utpekte selv Santos som sin etterfølger, etter at det ble klart at grunnlovsdomstolen ikke godtok en lovendring som åpnet for en tredje presidentperiode.
Skjemmet av vold
Søndagens andre valgomgang var også preget av voldshandlinger. Minst sju politifolk og seks medlemmer av den venstreorienterte FARC-geriljaen ble drept i to ulike hendelser.
Åtte andre politifolk er savnet etter et bilbombeangrep nordøst i landet, opplyser delstatsmyndighetene i Norte de Santander.
Tidligere på dagen opplyste hæren at seks FARC-medlemmer ble drept i kamper i Meta-provinsen, øst for hovedstaden Bogota søndag.
Hard linje
Uribes solide oppslutning skyldes hans harde linje for å få bukt med volden i landet. Santos flyter på at han lover å fortsette ekspresidentens linje, og regnes da også som arkitekten bak Uribes kamp mot geriljaen.
Det så en stund ut til at opposisjonskandidaten Antanas Mockus, som tidligere var borgermester i Bogota, ville gi Santos reell konkurranse.
Mockus var helt avhengig av å få hjemmesitterne på banen, men ser ifølge prognosene ut til å måtte nøye seg med rundt 28 prosent av stemmene.
Gerilja og kokain
Selv om også Mockus vil fortsette den militære kampen mot geriljaen, er det Santos som framstår som en garantist for at Uribes linje fortsetter. Som Uribes forsvarsminister regnes han som arkitekten bak kampen mot geriljaen.
Forrige ukes befrielse av fire høytstående offiserer som har vært FARCs fanger i tolv år, bidro også til Santos' popularitet.
- Les også: FARC løslot gissel etter 12 år
Konflikter står imidlertid i kø for den nye presidenten. Det mest akutte problemet er fortsatt geriljaen og narkotikatrafikken, som i noen grad er to sider av samme sak.
Selv om de to geriljagruppene FARC og ELN er under press, er begge fortsatt aktive. Det er stadig sammenstøt, det er stadig geriljaangrep, og FARC holder fortsatt mange bortførte fanger i sine leirer i jungelen.
Høy pris
Selv om Uribes kamp mot geriljaen har gitt resultater, har kampen hatt en høy sosial og politisk pris.
Menneskerettighetsgrupper som Human Rights Watch og Amnesty International viser til omfattende brudd på menneskerettighetene.
Kampen har også tatt oppmerksomheten bort fra de alvorlige fattigdomsproblemene, særlig på landsbygda, og ikke minst blant de 4 millionene mennesker som er drevet på flukt på grunn av konflikten.
Tall fra landets eget statistikkontor viser at rundt 20 millioner colombianere, det vil si 45 prosent av befolkningen, lever i fattigdom i et Colombia som har et mer mangfoldig og rikt ressursgrunnlag enn de fleste latinamerikanske land.
Skandaler
Arven etter Uribe inkluderer også en rekke skandaler som har avdekket omfattende korrupsjon og brudd på borgerrettighetene.
Opptil 80 medlemmer av nasjonalforsamlingen fra Uribes koalisjon er anklaget for å ha hatt bånd til de høyreekstreme dødsskvadronene.
I fjor ble det avdekket at etterretningsvesenet DAS har drevet omfattende telefonavlytting av opposisjonspolitikere, journalister og utenlandske ambassader.