Sjefredaktør Dmitirij Muratov gir imidlertid ikke opp kampen og sier avisen vil ta beslutningen til retten.
– Vi mener årsaken for advarselen er konstruert, sier han på telefon til nyhetsbyrået TT fra Moskva.
Advarselen fra tilsynsmyndigheten Roskomnadzor begrunnes med at avisen ikke tilstrekkelig sensurerte et støtende ord – som kan oversettes til noe sånt som «fitteri» – da de publiserte et utdrag av en bok.
– Vi skrev om en fantastisk bok av en glimrende forfatter, Vasilij Avtjenko. Det er litteratur og der gjelder andre normer enn i vanlig journalistikk, sier sjefredaktøren.
Novaja Gazeta, som fikk sympatierklæringer fra hele verden da avisens korrespondent Anna Politkovskaja ble drept i 2006, ble av flere tippet til å vinne fjorårets nobelpris for sin uavhengige journalistikk.
En talsperson i Roskomnadzor, som fører tilsyn over russiske medier, sier avisen nå kan dras inn for en domstol og fratas lisensen, ifølge nyhetssiden Lenizdat.
Talspersonen sier samtidig at de vil være «fornuftige» i saken ettersom de påståtte overtredelsene ikke har vært «systematiske». Sist Novaja Gazeta fikk en advarsel var i oktober i fjor.