Den oppsiktsvekkende opplysningen kommer fram i et notat Comey skrev rett etter et møte i Det hvite hus i februar, skriver New York Times.
– Jeg håper du kan la dette passere, sa presidenten til den daværende FBI-direktøren, ifølge notatet.
Denne forespørselen fra Trump er det klareste beviset på at presidenten har forsøkt å direkte påvirke justisdepartementets og FBIs undersøkelser av Trump-administrasjonens Russland-forbindelser, skriver New York Times.
Flynn gikk av
Under en måned etter at Donald Trump ble innsatt som president, ble sikkerhetsrådgiver Flynn den første som måtte forlate administrasjonen etter å ha løyet for visepresidenten om samtaler han hadde hatt med Russlands ambassadør.
For en uke siden fikk også FBI-direktør James Comey sparken.
Møtet som notatet stammer fra ble holdt dagen etter at Flynn trådte av. To personer som har lest notatet opplyser dette til New York Times.
Comey skal ha dokumentert det han oppfattet som presidentens utilbørlige forsøk på å påvirke en videre utredning.
En FBI-agents notater regnes som troverdige bevis i retten, skriver New York Times.
SPARKET: FBI-direktør James Comey ble fjernet av Donald Trump 9. mai.
Foto: Susan Walsh / APComey har delt notatet med nære FBI-kolleger.
New York Times har ikke notatet selv, men en reporter har fått deler av det opplest av en av Comeys medarbeidere.
– Jeg håper du kan gjøre veien klar for å la dette passere, at Flynn kan gå klar. Han er en bra fyr. Jeg håper du kan la dette gå, sa Trump ifølge notatet.
Ifølge notatet fortalte Trump at Flynn ikke hadde gjort noe galt.
Comey skal ikke ha svart på om han ville begrense undersøkelsen, men bare sagt: Jeg er enig i at han er en bra fyr, skriver New York Times.
– Ikke sannferdig gjengivelse
I en uttalelse nekter Det hvite hus den versjonen som fremgår i notatet.
«Selv om presidenten gjentatte ganger har gitt uttrykk for sin oppfatning av at general Flynn er en anstendig mann som har tjent og beskyttet landet vårt, har presidenten aldri bedt Mr. Comey eller noen andre om å avslutte noen etterforskning, inkludert en undersøkelse som involverer general Flynn», står det i uttalelsen
«Presidenten har ytterst respekt for våre politimyndigheter, og alle undersøkelser. Dette er ikke en sannferdig eller nøyaktig skildring av samtalen mellom presidenten og Mr. Comey,» skriver Det hvite hus.
Fungerende FBI-direktør benektet påvirkning
I et vitnemål i senatet forrige uke sa fungerende FBI-direktør Andrew G. McCabe at det ikke hadde vært noe forsøk på å hindre etterforskning.
En talsmann for FBI har ikke villet kommentere artikkelen i New York Times.
Kildene til New York Times forteller at Comey har gjort notater, også noen som er gradert, av alle telefonsamtaler og møter mellom ham og Trump.
Opplysningene i New York Times kommer dagen etter at Washington Post publiserte en artikkel om at Trump delte hemmelig etterretningsinformasjon med Russland. En sak som har rystet det politiske USA.
Flere medier meldte tirsdag kveld at informasjonen Trump delte med russerne kommer fra israelsk etterretning.
