Det opplyser landbruksdepartementet i landet.
Det fryktede viruset, som kan føre til døden for mennesker som smittes direkte fra fugler, er også tidligere påvist i landet.
Svanen var tidligere blitt merket i Ungarn, men ungarske tjenestemenn opplyser at den på det tidspunktet var frisk.
Fuglen ble skutt i landsbyen Zdenci i den østlige delen av Kroatia, i et område hvor det også tidligere er funnet svaner smittet med viruset H5N1.
Som et ledd i sikkerhetstiltakene ble alt fjærfe den gang avlivet i et område med radius på tre kilometer fra dammen hvor svanene ble funnet.
Forskere frykter at H5N1 kan endre seg til et virus som smitter med letthet mellom mennesker, noe som vil kunne utløse en verdensomspennende sykdomsbølge med voldsomme dødstall som resultat.