Avtalen vil gjøre det lettere for EU-land å si ja til å ta imot tidligere fanger fra krigen mot terror som ikke kan sendes til sine respektive hjemland.
USAs president Barack Obama har lovet å stenge den omstridte fangeleiren på Cuba innen januar som følge av anklager om at fangene er blitt mishandlet og behandlet i strid med Genève-konvensjonene.
USA har lett etter land som kan ta imot fangene, men det har vært vanskelig å få land til å stille opp.
Avtalen som EU-landenes innenriksministre inngikk torsdag innebærer at mottakslandet er nødt til å dele opplysninger de mottar fra USA om de tidligere fangene med alle andre EU-land. Først etter at informasjonen er sendt ut, skal det tas en endelig beslutning.
Avtalen har vært regnet som svært viktig ettersom en tidligere fange med oppholdstillatelse i ett EU-land, vil kunne reise fritt til de 26 andre medlemslandene.