Én av de 43 personene som var om bord skipet, er blitt hentet opp av vannet av den japanske kystvakta.
Mannen (45), en filippinsk statsborger, ble oppdaget av et overvåkningsfly fra den japanske marinen mens han lå flytende i vannet med en redningsvest og livbåt.
Det Panama-registrerte fartøyet har navn «Gulf Livestock 1». Det sendte ut et nødsignal fra Østkinahavet tidlig onsdag. Da befant det seg vest for øya Amami Oshima, sørvest for Japan, ifølge den japanske kringkasteren NHK.
Det er uklart hvorfor nødsignalet ble sendt ut, men ifølge mannen kantret skipet før det sank.
Fraktet 5.800 kyr
Det skal ha mistet en motor på grunn av røff sjø forårsaket av tyfonen Maysak. Deretter skal det ha blitt truffet av en bølge før det kantret.
Ifølge den overlevende ble mannskapet instruert til å ta på seg redningsvester mens skipet veltet. Han skal så ha hoppet i vannet og ikke sett noen andre før han ble reddet.
Det nesten 12.000 tonn tunge skipet fraktet 5.800 kyr i tillegg til mannskapet på 43.
Det er satt i gang en stor leteaksjon etter resten av mannskapet. Ifølge den japanske kystvakten er været i ferd med å ta seg opp i området etter tyfonens herjinger.
Var på vei til Kina
Foruten den filippinske mannen som er blitt reddet opp, var det 38 andre filippinere, to newzealendere og to australiere på skipet.
Australias utenriksdepartement sier de har tatt kontakt med familiene til de to australierne om bord.
Skipet, som flagger til Panama, forlot New Zealand 14. august og skulle etter planen ankomme Kina neste fredag, skriver japanske Kyodo News.
Det var på vei til havnebyen Tangshan, rundt 150 kilometer øst for Beijing.
