Ahmad Arafat ble skutt i brystet i flyktningleiren Jelazoun nær Ramallah, etter at de israelske soldatene hadde rykket inn for å ta fanger.
19-åringen ble løslatt fra et israelsk fengsel for bare en uke siden, men det er uklart om han var et av målene for nattens aksjon.
- Les også: 80 palestinere pågrepet
Anklager Hamas
Israelske styrker har tatt minst 80 palestinere til fange siden torsdag, da tre israelske tenåringer ble bortført fra en bosetning på Vestbredden.
Israel anklager Hamas for å ha bortført de tre, noe islamistgruppen benekter.
– De som har utført kidnappingen av våre ungdommer er folk fra Hamas - det samme Hamas som Mazen (Abbas) har dannet en regjeringen med, sa statsminister Benjamin Netanyahu.
Den palestinske presidenten Mahmud Abbas fordømte i dag bortføringen av de tre israelske ungdommene.
Samtidig angrep Abbas den massive aksjonen som israelerne har satt i gang for å finne de tre.