Amerikanske myndigheter har i lengre tid vært irritert over at Nato ikke sender flere soldater til Afghanistan, og har derfor vedtatt å sende flere soldater selv.
Da Gates på tirsdag kunngjorde at USA sender 3200 nye spesialtrente soldater, sa han at han håpet Nato ville komme etter.
- For dårlig opplært
Gates mener at Natos virksomhet i Sør-Afghanistan ikke har opplæring nok til å kjempe mot opprørerne.
- Vi sender ut militære rådgivere som ikke er godt nok opplært, sier Gates til Los Angeles Times.
Han reiser også tvil om NATO-soldatene i Sør-Afghanistan har nok kunnskap til å stå imot opprørerernes angrep.
Nato-soldatene i sør er stort sett fra Storbritannia, Canada og Nederland.
NATO-begrensninger
I en høring i Kongressen nylig var Gates inne på det samme.
Det er slutt på den kalde krigen - nå må vi være forberedt på å operere langt hjemmefra og mot fiender som opprørere og terroristnettverk, sa Gates i Kongressen for kort tiden.
Afghanistan har vist at det er klare begrensninger i hvordan
Nato er organisert og utstyrt og måten alliansen opptrer på, sier Gates.
Uttalelsene fra Gates har fått NATO's generalsekretær til å gå i skyttergraven for sine soldater i Sør-Afghanistan.
- Jeg har den største respekt for det som blir gjort av Nato-soldater i Afghanistan, kanskje spesielt i sør, sier Jaap de Hoop Scheffer.