Den sentrale russiske valgkommisjonen undersøker nå hva som skjedde i Ljubertsy som er en del av Moskva fylke. Det melder det russiske nyhetsbyrået RIA Novosti.
Der ble det i dag oppdaget at noen forsøkte å legge flere stemmesedler enn den ene som er tillatt per person ned i en stemmeurne.
Alle stemmene i urnen er nå erklært ugyldige.
Også et annet sted i Moskva-området skal det ha skjedd noe liknende, melder det russiske nettstedet RT.
Aktivister og organisasjoner som følger presidentvalget i Sibir, sier at observatører har blitt nektet adgang til valglokaler flere hundre steder.
Presset til å stemme
Den russiske valgkommisjonen sier at de at tiltakene som er innført for å få flere til å avgi stemme, er i tråd med russisk lov.
Fra en rekke hold har det blitt hevdet at arbeidsgivere har presset sine ansatte til å stemme.
Valgkommisjonssjef Ella Pamfilova sier tjenestefolk rundt om i landet har handlet raskt for å sørge for et legitimt valg, og hun understreker at alle påstander om valgfusk vil bli etterforsket.
Les mer: Kø av velgere da valglokale åpnet i Moskva
Les også: Dette er kandidatene som skal utfordre Putin
Varierende frammøte
I valglokale nummer 43 i sentrum av Moskva har det vært et jevnt sig av folk som skal stemme helt siden valget startet klokka 06.00 norsk tid i dag tidlig.
– Her har alt gått normalt for seg i hele dag, ingen har forsøkt på å legge flere stemmer i urnene her, sier Aleksandr Palenov som har ansvaret for dette valglokalet.
Men den statlige TV-kanalen RTR melder i ettermiddag at det i Moskva er 52 prosent oppslutning om valget, det er en del lavere enn gjennomsnittet i landet.
På landsbasis melder det statlige fjernsynet nå at 59 prosent av de stemmeberettige har avlagt stemme.
Oppslutningen varierer fra distrikt til distrikt, men flere steder melder om bedre deltagelse i år enn i 2012.
Les mer: Derfor stemmer russere på Putin
Viktig for Putin
Rett før valget oppfordret president Vladimir Putin alle russere til å stemme, slik at han får en legitim seier.
I dag hadde han følgende melding da han avga sin stemme:
– Jeg vil være fornøyd med et hvilket som helst resultat som gjør at jeg kan fortsette so president, sa Putin. Han tilføyde at han er sikker på at programmet som han tilbyr er det beste for Russland.
Putin stiller mot sju andre kandidater, men alt tyder på at han er suveren i forhold til dem.
På meningsmålinger har han fått om lag 70 prosent oppslutning den siste tiden.
Ved forrige presidentvalget i 2012 fikk Putin 63,6 prosent oppslutning. Valgdeltakelsen lå på 65,3 prosent.