Én mistenkt skal være pågrepet, men mannen som skjøt, skal ha kommet seg unna.
– Han er på frifot, sier innenriksminister Bernard Cazeneuve om episoden som skjedde i Porte de Chatillon sør for Paris.
Ifølge Le Figaro var mannen bevæpnet med automatvåpen og var kledd i skuddsikker vest.
En kommunalt ansatt ble også såret i episoden, men skal være utenfor livsfare.
– Foreløpig er det ingen link mellom hendelsen og terrorgrepet onsdag, opplyser politiet.
Innenriksministeren har forlatt et krisemøte for å dra til åstedet. Statsminister Manuel Valls har beskrevet hendelsen som svært alvorlig.
Flere angrep på moskeer skaper frykt
Fredag morgen melder franske myndigheter at det har vært flere angrep på moskeer onsdag og torsdag, uten at de så langt knytter dette til terrorangrepet.
Blant annet har det vært en eksplosjon i en kebabsjappe i nærheten av en moské i byen Villefranche-sur-Saone, øst i Frankrike. Lokalt politi sier til AFP at de etterforsker eksplosjonen som en kriminell hendelse.
I byen Le Mans fant en moské i går granater i bygningen og ei rute med kulehull, ifølge Le Maine Libre.
Så langt er det ikke kjent om hendelsene har noe med det dødelige angrepet på Charlie Hebdo onsdag å gjøre.