Det opplyser selskapets president Tim Clark til engelske The Times mandag.
Det er faren for nedskyting fra militante muslimer som får selskapet til å slutte å fly over Irak.
- Les også:
Endringen følger etter nedskytingen av Malaysia Airlines flight MH17 ble skutt ned over Øst-Ukraina for snaut to uker siden.
– Dette er et politisk dyr .... men det er et faktum at MH17 endret alt, og det var nesten i europeisk luftrom, sier Tim Clark.
Han sier nedskytingen av MH17 gjør et Emirates ikke tør å vente til det blir tatt en internasjonal beslutning om å slutte å fly over Irak.
– Vi kan ikke fortsette å si «Vel, det er en politisk ting». Vi må gjøre noe.Vi har tatt tyren med ved hornene, sier Emirates-president Tim Clark til The Times.
Vil ta noen dager
Han spår at flere andre selskaper også kommer til å slutte å fly over Irak, etter hvert som de gjør nye sikkerhetsvurderinger om risikoen ved å fly over krigssoner.
Emirates er det første selskapet som slutter å fly over Irak etter nedskytingen av MH17. De amerikanske luftfartsmyndighetene FAA, som gir strenge regler for amerikanske selskaper, har bare lagt ned forbud mot å fly under 20.000 fot over Irak.
Nettstedet Flightaware viser hvor Emirates-flyene er til enhver tid. Da NRK sjekket klokken 16.00 norsk tid hadde selskapet fortsatt flere fly i luften over Irak.
Emirates opplyser til BBC at de allerede har begynt å endre rutene for noen flyene, men at det vil ta noen dager før alle er endret.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Flyr fra Sverige over Irak
Emirates har flere ruter som går over områder i Irak som kontrolleres av de militante muslimene i Isil, på vei til og fra destinasjoner i Europa.
Blant annet har Emirates flyvninger fra Stockholm til Dubai og tilbake.
Flyvningene til og fra Stockholm har til dels gått over nettopp de områdene av Irak som kontrolleres av de ekstreme islamistene i ISIL.
Etter planen skal Emirates starte opp flyvninger til og fra Oslo i løpet av september.
Vil ha nye regler
Samtidig tar Malaysia Airlines-sjefen Hugh Dunleavy til orde for en full gjennomgang av hvordan flyruter blir vurdert som sikre i etterkant av nedskytingen av MH17.
I en artikkel i Sunday Telegraph sier han at flyselskapene ikke lenger kan stole på luftfartsmyndighetene for sikker informasjon om faren ved å fly over konfliktsoner.
Han mener at flyselskapene altfor lenge har vært nødt til å ta beslutninger om hva som har vært trygge flyruter over områder der det er konflikter.
– Vi er ikke etterretningsorganisasjoner, men flyselskaper som skal frakte passasjerer komfortabelt mellom destinasjoner, skrev Hugh Dunleavy.