Hullene skal brukes til å feste kabler som skal brukes til å heve skroget.
Dykkerne har jobbet i sekstimersskift siden lørdag. Søndag kunne nyhetsbyrået Interfax melde at skjæring av hull er i gang.
"Kursk" sank i august i fjor og et mannskap på 118 omkom. Flere torpedoer eksploderte og ødela fronten på ubåten. Den skal skjæres av i august og miljøvernere har advart mot faren for radioaktiv lekkasje.
Forparten blir inntil videre liggende igjen på havbunnen. 12 lik ble hentet opp fra ubåten i fjor, men president Vladimir Putin har lovet de pårørende at alle de omkomne skal hentes ut av vraket.