Det forteller øyenvitner. Demonstrantene ropte slagord til støtte for Mousavi.
De bar grønne armbind og bilder av den tapende presidentkandidaten, samtidig som de krevde at den gjenvalgte presidenten Mahmoud Ahmadjinedad må gå av.
Politioppbudet rundt universitetet var omfattende, men demonstrantene klarte likevel å holde korte markeringer.
Øyenvitner forteller at politiet knustene vindusrutene på flere biler som tutet i sympati med Mousavi.
Tidligere i dag brukte politiet også tåregass og køller mot flere tusen Mousavi-tilhengere utenfor universitetet i Teheran i forbindelse med fredagsbønnen der.
Det opplyste øyenvitner til nyhetsbyrået Reuters. Politiet pågrep minst 15 demonstranter.
Det var ventet at Mousavi ville være tilstede under fredagsbønnen på universitetet, men han dukket ikke opp.
Øyenvitner forteller at tilhengerne i forbindelse med fredagsbønnen ropte slagord til støtte for Mousavi.
Overdøvet Rafsanjani
Slagordene skal ha overdøvet Mousavis kanskje viktigste støttespiller, tidligere president Akbar Hashemi Rafsanjani som ledet bønnen.
Demonstrantene krevde også at politiske fanger må løslates.
Det var første gang Rafsanjani leder bønnen siden det omstridte presidentvalget der Mahmoud Ahmadinejad ble utropt som vinner.
De frammøtte roper også slagord til støtte for Rafsanjani. Mange av deltakerne hadde grønne armbind, Mousavis farge under presidentvalgkampen, ifølge øyenvitner.
Fredagsbønnen hellig
Rafsanjani ba i talen sin tilhengerne om ikke å forgifte den hellige posisjonen fredagsbønnen har ved å komme med upassende slagord og kommentarer.
Han kalte situasjonen som har oppstått etter presidentvalget for en krise. Han sa at valget har ødelagt iranernes tillit til makthaverne, og at den tilliten må gjenoppbygges.
Rafsanjani sa at noe må gjøres for å fjerne tvilen om utfallet av presidentvalget, og ba myndighetene løslate demonstrantene som sitter arrestert etter de voldsomme demonstrasjonene etter at det omstridte valgresultatet ble offentliggjort .
- Iran må tillate en fri presse innenfor de rammene loven setter, sa Rafsanjani.
Fredagsbønnen ble overført direkte på den statskontrollerte radioen.
Hadde advart
Iranske myndigheter hadde på forhånd advart mot å bruke fredagsbønnen som utgangspunkt for demonstrasjoner.
- Iranske folk må være forsiktige slik at fredagsbønnen ikke blir gjort om til et åsted for ubehagelige scener, sa den iranske etterretningsministeren Gholam Hossein Mohseni Ejeie torsdag.
