Cameron tok turen nordover fra Samveldet-toppmøtet, som finner sted i hovedstaden Colombo.
Statsminister Camerons besøk i nord, som ble kontrollert av Tamiltigrene under borgerkrigen, har satt sinnene i kok i den srilankiske regjeringen.
Det er første gang en utenlandsk leder besøker Jaffna siden Sri Lanka ble løsrevet fra Storbritannia i 1948.
Britiske prins Charles åpnet fredag det boikott-rammede toppmøtet. Tre statsministre, fra Canada, India og Mauritius, boikotter møtet fordi Sri Lanka er vertskap.
Årsaken er misnøye med at president Mahinda Rajapakse nekter å sette i gang en uavhengig gransking av anklager om at hæren begikk krigsforbrytelser og drepte rundt 40.000 sivile mot slutten av borgerkrigen mot Tamiltigrene, som ble avsluttet i 2009.
- Les:
Til sammen ble minst 100.000 drept i løpet av krigen, som startet i 1972, og som norske diplomater i flere år forsøkte å finne en løsning på.
- Les også:
– Ikke døm oss
Fredag ba Rajapakse sine samveldekolleger om ikke felle en dom over landets forhistorie.
Presidenten advarte de utenlandske lederne om ikke å bruke anledningen til å sette sin egen agenda, samtidig som han ba om at Samveldet ikke må bli en «dømmende organisasjon».
Toppmøtet skulle etter planen være den singalesiske presidentens sjanse til å vise fram utviklingen på Sri Lanka etter borgerkrigen ble avsluttet. Siden krigen har økonomien vokst, og i fjor besøkte over én million turister landet, noe som er ny rekord.
Men støyen rundt boikott fra flere utenlandske ledere har skapt en PR-katastrofe for Rajapakse.
Og Camerons besøk i nord kaster lys over den vanskelige situasjonen til mange av ofrene etter borgerkrigen.
Fortsatt bor 30.000 mennesker i nord i flyktningleirer. Byene er sterkt preget av istykkerskutte hus og gårder som er forlatt, og fortsatt anklages militæret for overgrep mot lokalbefolkningen. Før borgerkrigen blomstret økonomien i nord.
(Artikkelen fortsetter under bildet.)
Stor oppslutning
Cameron er blitt kritisert for ikke å boikotte Samveldet-møtet, men tidligere denne måneden lovet han fredsprisvinner og Myanmars opposisjonsleder Aung San Suu Kyi at han skulle besøke Jaffna.
Etter ankomst fredag ble han møtt av blant andre redaktør i avisen Uthayan, M. V. Kaanamylnathan.
– Alle later som at alt er ok. At tamilene har de samme rettighetene, men det stemmer ikke. Dette må verden få vite, sier Kaanamylnathan.
Men selv om flere utenlandske ledere skyr president Rajapakse, er oppslutningen på hjemmebane sterk. Støtten er stor i det singalesiske flertallet av befolkningen og han ble gjenvalgt med stor margin i 2010.
Presidenten blir sett på som mannen som fikk avsluttet en krig mange mente det var umulig å vinne.