Utnevnelsen ses som et viktig steg mot å få tilbake demokratiet i landet etter at regjeringshæren grep makten da president Blaise Compoaré ble styrtet etter masseprotester for to uker siden.
Compoaré, som har vært president siden han tok makten i et kupp for 27 år siden, ble erstattet av oberstløytnanten Isaac Zida.
Både Burkina Fasos opposisjonspartier, USA og Den afrikanske union (AU) var kritiske til hærens maktovertakelse i det vestafrikanske landet, og FN krevde at det ble dannet et sivilt overgangsstyre.
Kafando var landets ambassadør til FN fra 1998 til 2011, og han ble valgt som midlertidig president blant i alt fire kandidater etter flere timers forhandlinger søndag.
Han skal lede landet fram til neste års valg.
Les:
Les: