– Vi har ikke klare bevis på at signalene kom derfra. Vi analyserer dette nærmere for å kunne si med sikkerhet at anropene ikke kom fra ubåten, sa admiral Gabriel Gonzalez søndag.
Gonzalez sier marinen har intensivert søket fra luften utenfor landets sørlige Atlanterhavskyst etter at dårlig vær med opp til 8 meter høye bølger vanskeliggjorde leting i sjøen.
En talsmann for marinen sa at satellittsignalene som ble fanget opp lørdag varte i bare noen få sekunder og at de ikke var koblet til noen base, delvis på grunn av uvær.
Omfattende leteaksjon
Det ble først antatt at signalene tydet på at ubåtmannskapet prøvde å gjenopprette kontakt.
Det var Argentinas forsvarsdepartement som lørdag opplyste om å ha mottatt flere mislykkede oppringninger fra en satellittelefon på den savnede ubåten med 44 personer om bord.
– Vi vil gjøre alt vi kan for å finne ubåten så fort som mulig, sa Argentinas president Mauricio Macri lørdag, da søkeområdet etter ubåten ble doblet.
Letemannskapene som var aktive søndag brukte i stor grad informasjon fra den britiske marinens polarskip Protector, som er utstyrt med en søkesonde og følger kursen til ubåten San Juan.
- Les mer:
44 om bord
Gonzalez bekreftet også at den amerikanske marinen deltar i letingen sammen med fly fra Argentina, Brasil og USA og elleve overflatefartøy.
Blant de 44 besetningsmedlemmene er Eliana Krawczyk, den første kvinnelige ubåtoffiseren i Argentina.
Myndighetene hadde sist kontakt med den tyskbygde, dieselelektriske ubåten på onsdag da den seilte ut fra den sørlige havnen Ushuaia med kurs for Mar del Plata.