Conille ble utnevnt til regjeringssjef av nasjonalforsamlingen i Haiti i oktober i fjor, noe som førte til en slutt på et flere måneder langt politisk kaos i landet.
Verken Conille eller Martelly har kommentert opplysningen.
Men Conilles avgang kan kaste det lutfattige og katastroferammede landet ut i en ny alvorlig politisk krise.
Conille er den tredje statsministeren president Martelly har utnevnt siden han vant valget i mai i fjor, men den eneste som har blitt godkjent av nasjonalforsamlingen.