Det er den opposisjonsvennlige eksilgruppen Syrian Observatory for Human Rights (SOHR) som melder om masseflukten lørdag.
– Innbyggere i byene Busayra med 35.000 mennesker, Abriha med 12.000 og al-Zir med 15.000 har alle blitt drevet på flukt av kampene i området, opplyser gruppen.
Mange av de som har flyktet, skal ha kommet seg over grensen til Tyrkia. Men de fleste flyktningene har søkt tilflukt i andre deler av provinsen.
- Les også:
Islamistoppgjør
Kampene står mellom de islamistiske gruppene Nusrafronten og Den islamske staten i Irak og Levanten (ISIL), til tross for at al-Qaida-leder Ayman al-Zawahri beordret stans i kampene i en video fredag.
SOHR, som bygger sine rapporter på informasjon fra et bredt nettverk av kilder i det borgerkrigsherjede landet, sier at Nusrafronten brant ned en rekke hjem i Busayra. ISIL skal ha gjort det samme i Abriah.
Ifølge SOHR har minst 62 stridende blitt drept i skuddvekslingene den siste uken.
Harde kamper
I begynnelsen av januar brøt det ut kamper mellom ISIL og en rekke syriske opprørsgrupper som reagerte på ISILs overgrep mot sivile. Det siste slaget startet onsdag i Deir Ezzor, like ved grensen til Irak.
– Det er kamper i et område der det er en oljebrønn og et gassanlegg, omtrent ti kilometer fra Busayra, sier SOHR-leder Rami Abdulrahman.
ISIL ble opprinnelig etablert i Irak etter den USA-ledede invasjonen i 2003. Al-Nusra fronten ble grunnlagt i september 2011 og har erklært seg som en del av al-Qaida.
Den har anslagsvis 7000-8000 soldater og gjennomfører ofte selvmordsangrep.
- Les også: