De nåværende myndighetene har vært nær ved å arrestere ham flere ganger, ifølge Karzai.
Karzai sier at Omar for det meste oppholder seg i Afghanistan, men at det er vanskelig å finne ham fordi ingen vet hvordan han ser ut.
Karzai sier også at Al Qaida-lederen Osama bin Laden trolig er død.
Dette siste står i strid med en lydopptak den arabiske fjernsynsstasjonen Al Jazeera brakte i kveld.
I et to minutter lant innslag som stasjonen sier inneholder bin Ladens egen stemme, truer han med nye angrep på amerikanske økonomiske interesser.