24-åringen gikk inn til tiden 39,74 og vant med to hundredeler foran nederlandske Antoinette de Jong. Nederlandske Ireen Wust tok tredjeplassen.
– Det var litt overraskende. Jeg hadde håpet at jeg skulle komme på pallen, men det var veldig gøy å vinne. 500-meter er ikke min sterkeste distanse, så dette lover bra, sier Njåtun til NRK.
Njåtun var avhengig av en god 500 meter for å være med i kampen om en sammenlagtmedalje. Selv tror hun at en sammenlagtseier er utenfor rekkevidde.
– Det tror jeg at jeg må avskrive. Martina Sáblíková gjennomførte et kjempebra 500-meterløp for henne å være og er nok en soleklar favoritt, sier hun.
Offensiv på 3000
Njåtun er likevel Norges medaljehåp i allround-EM etter at Sverre Lunde Pedersen ble syk natt til lørdag og derfor må stå over mesterskapet i den hviterussiske hovedstaden.
Njåtun var offensiv på 3000-meteren i EM, men tapte tid de siste rundene. 24-åringen endte til slutt på 6.-plass og er definitivt med i kampen om en sammenlagtmedalje.
Med seier på 500 meter og 6.-plass på 3000 meter ligger Njåtun på 5.-plass sammenlagt i EM. Martina Sáblíková leder. Hun vant også distansen.
Bøkko på 6.-plass
I herreklassen gikk Håvard Bøkko inn til 6.-plass på 500 meter.
Han åpnet sterkt, men klarte ikke å holde tempoet på 500-meteren, der han gikk mot landsmann Sindre Henriksen på mesterskapets første distanse.
28-åringen gikk inn til tiden 36,63, mens Henriksen leverte et godt løp og så vidt ble slått av Bøkko med tiden 36,71. Han endte til slutt på 8.-plass.
Russiske Denis Juskov vant med tiden 36,23, mens Sven Kramer endte på 4.-plass med tiden 36,56.
Kontrollerer EM etter 5000-meteren
Sven Kramer er overlegent best i allround-EM og vant 5000 meter på 6.19,7. Håvard Bøkko inn på 4. plass på 6.31,6. Han ligger nå på 4. plass i sammendraget. Sindre Henriksen ble nummer 10.
Sven Kramer leder overlegent og har overbevist i EM. Sven Kramer har gått en meget god 500 meter og er etter denne dagen den store favoritten til å ta et nytt EM-gull. Så lenge han ikke faller kommer Kramer til å vinne dette.
Jan Blokhuijsen ble nummer to på 5000-meteren og Bart Swings ble nummer 3.