Lyon-supportere skal ha flyktet ut på gressmatten like før kampstart etter at Besiktas-supporterne, som var plassert i etasjen, kastet fyrverkeri og andre gjenstander i retning hjemmefansen.
Tidligere på kvelden har det vært flere sammenstøt mellom de tilreisende tyrkiske supporterne og fransk politi.
Kastet prosjektiler og fyrverkeri
Utenfor stadion var det også konfrontasjoner mellom lagenes supportere.
Da spillerne varmet opp til kvartfinalen i Lyon begynte bortefansen å kaste flere gjenstander på hjemmefansen, melder Sky Sports.
Kampen var ifølge France TV klassifisert som en høyrisikokamp av franske myndigheter, derfor var det over 500 politifolk til stede på stadion, som er mer enn dobbelt av det som er vanlig, skriver BBC Sport.
– Prosjektiler og fyrverkeri kastet fra den øvre tribunen gjør at supportere må søke tilflukt på gressmatten, skriver Lyon på Twitter.
Utsatte kampen
Kampen skulle egentlig begynt kl. 21.05, men ble utsatt som følge av bråket. Først klokken 21.50 ble oppgjøret sparket i gang.
Dette er den tredje hendelsen UEFA har måtte hanskes med denne uken, etter tirsdagens angrep på Borussia Dortmunds spillerbuss og onsdagens sammenstøt mellom tilhengere og politi Leicester City i Madrid.
Myndighetene hadde merket ligaen «høy risiko», derfor var rundt 500 politi stasjonert på stadion. Noe som er mer enn det dobbelte enn på en «vanlig» Europaliga-kamp.
I forkant av bråket skal tyrkiske supportere ha blitt nektet å kjøpe billetter, fordi kampen var utsolgt.