Thomas fikk sammen med Zdenek Stybar og Peter Sagan stikke i den siste bakken med rundt tre mil igjen til mål.
Kristoff og hans Katjusja-hjelpere og BMC-laget klarte aldri å svare på deres rykk. Dermed økte avstanden, som var oppe i over minuttet før man skjønte alvoret.
Sky-rytteren Geraint Thomas klarte å stikke fra de to andre på de siste kilometerne inn til mål.
– Jeg stakk da de andre satt og så på hverandre. Dermed fikk jeg en luke, sa Thomas, som ble den første briten til å vinne det belgiske rittet i Flandern.
Kristoff tapte spurten om tredjeplassen for italienske Matteo Trentin.
Det var hele fem nordmenn på start i fredagens ritt over 215,3 kilometer. I tillegg til Kristoff syklet Edvald Boasson Hagen, Kristoffer Skjerping, Sven Erik Bystrøm og Vegard Breen. Sistnevnte valgte å stå over underveis.