Rooney ble ifølge Sky Sports smittet da United var på tur i Nigeria forrige måned.
United spilte i Lagos mot Portsmouth, et lag de også møter i søndagens Community Shield-kamp.
Manchester United må klare seg uten Cristiano Ronaldo i de første to månedene av sesongen.
Kan miste landskamp
Portugiseren går skadd. Nå ser det ut til at den regjerende seriemesteren også må klare seg uten Rooney.
- Jeg tviler på at vi får Rooney klar til sesongstart, med tanke på det viruset han har. Det er et ille virus, og han har ikke trent, sier Uniteds manager Sir Alex Ferguson.
Viruset spissen har pådratt seg kan også sette ham på sidelinjen når England møter Tsjekkia 20. august.