Under fredagens kamp i serie A, som Genoa vant 2-0, skal Balotelli ha blitt utsatt for rasistiske tilnærmelser og tilrop fra hjemmelagets supportere.
For opptrinnet har klubben fått en bot på 30.000 euro (ca. 250.000 kroner).
I en uttalelse fra turneringsledelsen kommer det fram at boten også innebærer kasting av lightere og bruk av laser mot spillere.
Det er ikke første gang Milans spillere blir utsatt for rasisme i år. I oppgjøret mot byrival Inter ble både Balotelli og hans lagkamerat Sulley Muntari hetset.
I en vennskapskamp i januar forlot Kevin Prince-Boateng banen, etter å ha blitt utsatt for rasistiske tilrop fra Pro Patrias supportere.
Lazio har også fått 10.000 euro i bot etter helgens runde, da lagets supportere under 2-0-tapet for Fiorentina fornærmet UEFA-president Michel Platini med et banner.
Roma-klubben har klaget på boten, men har fått avslag.