Skånelaget startet offensivt i det første møtet i 3. kvalifiseringsrunde, mens Thun tettet igjen bakover og satset på kontringer.
Marcus Pode kunne gitt Malmo ledelsen allerede etter ti minutter, men skuddet ble reddet.
Hjemmelaget hadde flere gode muligheter, men klarte ikke å få ballen forbi Eldin Jakupovitsj i Thun-målet.
Kontringer
Thuns taktikk med å satse på kontringer fungerte bedre.
Etter 34 minutter scoret brasilianske Adriano Pimenta seiersmålet fra 20 meter.
Høiland spilte hele kampen for Malmo.
Returoppgjøret spilles i Bern 23. august.