Klubben ble satt under administrasjon med en gjeld på 35 millioner pund (411 millioner kroner), men kjøpt tilbake av Ken Bates tidligere i juli.
Men administratorene KPMGs avgjørelse med å selge tilbake til Bates for en ukjent sum, i stedet for til andre budgivere, har gjort at ligaforeningen vil se nærmere på saken.
Det nye selskapet har ikke sikret Leeds lisens for spill i engelsk 1. divisjon til høsten.
De fleste spillerne godtok lønnskutt da klubben ble satt under administrasjon, men det var håp om at Bates tilbakekjøp ville få orden på de økonomiske problemene.
- Saken er et eneste rot, og det må ordnes omgående fordi spillerne er i ferd med å miste tålmodigheten. Det har holdt på i seks uker nå, og du kan ikke forvente at spillerne vil holde kontrakten sin når de ikke blir betalt, sier Mick McGuire i spillerforeningen.