Linsi er håndplukket av Blatter og har fungert i stillingen siden i vår. Da ble forgjengeren Michael Zen-Ruffinen sparket ut etter å ha offentliggjort en rapport om Blatters vanstyre av organisasjonen.
53-årige Linsi, som i likhet med Blatter og Zen-Ruffinen er sveitser, ble valgt med akklamasjon under tirsdagens styremøte i Madrid.
- Det gleder meg at styret fulgte mitt forslag og innsatte Linsi i vervet. De siste seks måneder har han vist sin kompetanse både i sine daglige gjøremål og i omstruktureringen av generalsekretariatet, sa Blatter.
FIFA-presidenten tok en knusende seier i maktkampen tidligere i år, og er nå i ferd med å innsette sine folk i alle avgjørende poster både i styre og administrasjon.
Også tirsdagens fordeling av VM-kvoteplasser forløp etter Blatters hode. Han straffet Europa, der han har møtt mest motstand, med tap av en VM-plass, og tok en også fra Sør-Amerika (som støttet ham), fordi det kontinentet har bare ti stemmer i valgene.
Oseania, Concacaf og Asia, som alle ga Blatter solid støtte i valget, ble belønnet med økt representasjon, mens Afrika beholdt sine fem plasser fordi mange afrikanske land stemte på Blatter og ikke på den afrikanske motkandidaten Issa Hayatou.