29. mai i Seoul avgjøres det om Sepp Blatter får fortsette sitt presidentverv i fire nye år eller om Hayatou tar over.
Kamerunske Hayatou er Blatters eneste motkandidat.
På et styremøte i FA mandag ble det enstemmig vedtatt at man ikke kunne støtte Blatter, som har havnet i hardt vær etter anklager om korrupsjon fra FIFAs generalsekretær Michael Zen-Ruffinen.
Sist fredag leverte 11 medlemmer av FIFAs eksekutivkomite et søksmål mot Blatter, på bakgrunnen av rapporten fra Zen-Ruffinen.
For fire år siden stemte FA for Blatter som ny FIFA-president framfor svenske Lennart Johansson.
Den gang var stemmen en del av engelskmennenes kampanje for å sikre seg fotball-VM i 2006. Mesterskapet gikk til Tyskland.