Hjemmekampen var den andre etter at Sam Allardyce måtte forlate managerstolen i Morten Gamst Pedersens klubb.
Blackburn var sugne på tre poeng etter skuffende 1-1 mot West Ham, men de klarte ikke å skape sjanser mot bortesterke Stoke.
Det sto 0-0 til pause, og etter hvilen var det gjestene som kom best i gang. Matthew Etherington la en strålende corner, og i feltet ventet Robert Huth, som skallet ballen i lengste hjørne i duell med Mame Biram Diouf.
Første seier på fire kamper
Og det var Stoke som fortsatte å kjøre på Ewood Park. Blackburn hadde nok med å holde unna, og tre minutter på overtid trygget i tillegg bortelaget ledelsen.
Ricardo Fuller serverte til Marc Wilson, som brukte ett touch før han banket ballen inn fra midten av Blackburns 16- meterfelt.
Dermed gikk Stoke forbi Blackburn på tabellen etter sin første seier på fire kamper.
For Gamst Pedersen & co. ser det stadig tristere ut. Laget har ikke vunnet på over tre uker og ligger på 13. plass.