Peter Sagan har to etappeseirer i årets utgave av rittet på USAs vestkyst, mens Kristoff beseiret slovaken på lørdagens etappe. Søndag måtte begge se seg slått av Cavendish, som fullførte et ekte hattrick. Det er tredje år på rad han vinner avslutningsetappen i Tour of California.
Tidligere i uken slet Cavendish med å hevde seg i spurtene, men 31-åringen viste søndag at han fortsatt kan.
Fransk sammenlagtseier
Kristoff tråkket til tidlig i spurten søndag og var i ledelse, men han greide ikke å holde unna for Cavendish og Sagan, som begge tok seg forbi.
Cavendish er lagkamerat med Edvald Boasson Hagen i det sørafrikanske Dimension Data-laget.
Sammenlagt vant franskmannen Julian Alaphilippe, som i praksis hadde avgjort den kampen da han hang med på de krevende stigningene lørdag. Bare et uhell kunne stoppe ham søndag, og Etixx-stallen lot ikke det skje.
Alaphilippe krysset mål som nummer 11 og seiret sammenlagt 21 sekunder foran australske Rohan Dennis. Brent Bookwalter, som er lagkamerat med Dennis i BMC, ble beste amerikaner på tredjeplass.
Sagan vant poengtrøya foran Kristoff (68 poeng mot 33), mens Evan Huffman vant klatretrøya.