Cancellara brukte 5.20 minutter på den 4,5 kilometer lange tempoetappen i nederlandske Assen. Han holdt belgiske Tom Boonen ni sekunder bak seg, og sykler i gult når rittet søndag flytter seg videre til Emmen.
- Jeg hadde ikke veddet på meg selv før etappen. Jeg visste ikke hvordan formen min var. Jeg trodde en prologspesialist skulle vinne, men jeg ga alt uansett, sa Cancellara.
Og alt var tydeligvis mer enn nok. Saxo Bank-rytteren vant også åpningsetappen i Tour de France 4. juli. Da beholdt han den gule ledertrøyen i seks dager.
- Jeg kommer ikke til å få et like bra ritt som jeg hadde i Touren. Jeg er her for å finne formen før VM på hjemmebane. Men de neste etappene passer meg, så jeg ser fram til mer Vuelta a Espana i Nederland, sa sveitseren.
Amerikaneren Tyler Farrar fortsetter å vise fin form. Han endte på tredjeplass på prologen.
Norske Gabriel Rasch syklet inn til 66.-plass, og var et halvt minutt bak Cancellara. Kurt Asle Arvesen var 39 sekunder bak og ble nummer 127.