Det er Norsk presseforbunds offentlighetsutvalg som har avdekket det store etterslepet.
Før dokumentene blir journalført, er de heller ikke mulig å søke innsyn i.
– Særlig under pandemien er det et åpenbart behov for å gjøre undersøkelser og drive undersøkende journalistikk. Uten at dokumentene er tilgjengelig fratas man et veldig viktig redskap for å kontrollere myndighetene, sier Tron Strand, leder av Pressens offentlighetsutvalg, til NRK.
Ifølge Strand har så mange som 25.000 dokumenter manglet i postjournalene, men nå er etterslepet kommet ned i rundt 19.000 dokumenter.
På et av saksnumrene er gjennomsnittlig behandlingstid over 200 dager. Det betyr at dokumentene blir registrert i postjournalen over et halvt år etter at de er mottatt.
FHIs assisterende direktør Gun Peggy Knudsen sier instituttet jobber med å komme à jour.
Hun omtaler de manglende dokumentene som publikumshenvendelser.
– Vi er lei oss for at vi ikke har kommet lenger. Dette gjelder publikumshenvendelser til instituttet som vi jobber oss gjennom å etterregistrere.
Den beskrivelsen er ikke Tron Strand helt enig i.
– Frykten er at dette gjelder mye mer enn publikumshenvendelser, og at helt sentrale dokumenter om håndteringen av pandemien heller ikke er journalført, eller journalføres svært sent.
Strand påpeker at offentlighetsloven gjelder som vanlig også under pandemien, og at vesentlige opplysninger også kan ligge i dokumenter FHI har klassifisert som «publikumshenvendelser».
– Hvordan er publikum definert? Er det helsearbeidere, overleger på et sykehus som slår alarm, pårørende som varsler om alvorlig kritikkverdige forhold? Det vet vi ikke, sier Strand.
Fikk åpenhetspriser
I fjor fikk Folkehelseinstituttet og direktør Camilla Stoltenberg hele to priser for sin åpenhet under pandemien.
«Vi har valgt å hedre lederen av én statlig virksomhet som har imponert oss. Etaten har en sentral rolle i pandemibekjempelsen og sitter på mye ulik fagkompetanse», skrev juryen i begrunnelsen da FHI-direktør Stoltenberg fikk Norsk presseforbunds åpenhetspris for 2020, den såkalte Flaviusprisen.
Les også: Hemmeligholder forklaringene til de som styrer Korona-Norge
Nå får instituttet Stoltenberg leder kritikk fra det samme forbundet som ga henne prisen.
– Det er problematisk at noen som får en åpenhetspris viser seg å ikke følge de grunnleggende åpenhetskriteriene i samfunnet, sier Tron Strand.
– Vi er veldig opptatt av åpenhet, og her handler det rett og slett om kapasitet. Vi hadde ikke kapasitet i forkant av den enorme mengden henvendelser som kom. Det gjør vi noe med nå, svarer Gun Peggy Knudsen.