Møtet varte i 45 minutter og foregikk i presidentpalasset i hovedstaden Naypyitaw, melder nyhetsbyrået Reuters.
– Vi har åpnet en kommunikasjonskanal mellom de to sidene, sa Ye Htut, presidentens talsmann til BBCs reporter Jonah Fisher.
Ifølge Ye Htut skal ikke Suu Kyi ha tatt opp spørsmålet om grunnlovsending som kan åpne for at hun kan bli president. Det var heller ikke noen diskusjon rundt hvem den neste presidenten kan være.
Dagens grunnlov utelukker partileder Suu Kyi fra presidentvervet, fordi hun har barn som er utenlandske.
Tidligst til våren blir det klart hva slags rolle Aung San Suu Kyi får og hvem som blir president i Myanmar.
- Les:
Overlegen seier
Suu Kyis parti Nasjonalligaen for demokrati (NLD) vant en overlegen seier i valget i november. Det sikret seg rent flertall i nasjonalforsamlingen til tross for at militæret er sikret 25 prosent av plassene.
Den nye regjeringen skal først tas i ed på nyåret. Det vil være første gang landet får en demokratisk valgt regjeringen siden 1960.
Spørsmålet er hvorvidt det blir en samlingsregjering, der både NLD og det nåværende militærstøttede regjeringspartiet deltar, slik presidenten og militæret argumenterer for.
De mener at NLD vil trenge militærets støtte i et land med stor fattigdom, svak infrastruktur og et utdatert byråkrati.