Antallet mennesker som er fordrevet fra husene sine av de store vannmassene, er over 451.000.
I løpet av få timer falt det like mye regn som det normalt faller i hele september. Den tropiske stormen som traff stillehavsøya, er den verste på over 40 år.
Video: Flommen rev huset på elva
Frykter sykdommer i råttent vann
Nå kjemper myndighetene for å unngå utbrudd av sykdommer mens råttent vann flyter rundt på øya.
Sanitærforholdene på de overfylte redningssentrene, der titusenvis av mennesker har søkt tilflukt, er dårlige. Avføring fra mennesker ligger åpent, ifølge nyhetsbyrået AFP.
– Vi overvåker redningssentrene for å se om det bryter ut sykdommer, sier helseminister Francisco Duque.
– Vi jobber med å få rent vann ut.
Seks meter med vann i hovedstaden
Helsemyndighetene er særlig redd for at det skal bryte ut tyfus og leptospirose, en infeksjon som skyldes bakterier som forekommer hos rotter og mus og som spres i skittent vann.
Den tropiske stormen med navnet «Ketsana», som traff Filippinene på lørdag, kom med det største regnfallet på over 40 år. I løpet av ni timer ble deler av hovedstaden Manila, der over 12 millioner mennesker bor, lagt seks meter under vann.
80 prosent av byen ble oversvømt på lørdag, og fremdeles er enkelte deler av Manila under en ankelhøyde med vann.