Hviterusseren Vasil Kiryienka sa takk for seg alt på Korsika, og torsdag måtte Hagen kaste inn håndkleet etter en stygg velt like før mål.
Chris Froome festet grepet om sammenlagtseieren etter en flott tempoetappe onsdag.
Men i den neste halvannen uken blir Sky utsatt for angrep fra lag med ryttere som også jakter den gule ledertrøyen.
- Les også:
Sterkt mannskap
– Fortsatt har vi et sterkt mannskap, og det er ingen grunn til å endre på planene våre, forsikret Brailsford torsdag kveld.
Men det går mot tøffe tak. I Alpene skal rytterne opp 18 fjell på de tre øverste nivåene. I tillegg er det opp Mont Ventoux på den franske nasjonaldagen 14. juli.
Laget vil savne Edvald Boasson Hagen de kommende dagene. Han reiser hjem til Norge fredag for videre behandling av brudd i den høyre skulderen.
Sky-lege Allan Farrell opplyste at skaden ikke var verre enn at han kunne reise hjem til Norge så raskt.
– Han er tilbake på sykkelen over sommeren, mente legen. VM i Firenze siste helg i september er Boasson Hagens store mål til høsten. Han bør være tilbake i god tid til det.
I fjor tok han sølv i landeveisrittet i VM.
Mange velt
Boasson Hagen gikk i asfalten etter en massevelt snaue tre kilometer fra mål. Han var eneste som ble stygt skadd. Han har tidligere unngått store uhell. Det er blitt med noen ribbeinsbrudd.
I Touren har det vært mange velt i år.
– Det kjøres nervøst før spurtene, men det går ikke hardere for seg enn i andre større ritt, sa Alexander Kristoff.
Dag Otto Lauritzen synes heller ikke det er flere uhell og skader blant rytterne enn tidligere.
– Men det er for mye kanter og ujevnheter i veibanen, sa Lauritzen, som syntes det var meget trist å miste Boasson Hagen.
Når Tour de France-feltet ruller videre, sitter bare to nordmenn med. Det er Kristoff og Lars Petter Nordhaug.