Rooney mister kampene som følge av det UEFA beskriver som et «overfall» under 7. oktober.
Rooney ble utvist etter en unødvendig og hodeløs takling mot Mjordrag Dzudovic etter 74 minutter. Kampen endte 2-2, og England tok seg til EM.
Det engelske fotballforbundet hadde håpet på én eller to kampers utestengelse, men endte altså med verst tenkelig resultat.
– Skuffende nyheter om Wayne Rooney. Det virker litt strengt at han skal gå glipp av tre kamper, skriver tidligere England-spiss Michael Owen på mikrobloggtjenesten Twitter.
Om Det engelske fotballforbundet (FA) deler det synspunktet, har de rett til å anke avgjørelsen innen tre dager.
– Vi avventer den fullstendige begrunnelsen fra UEFAs disiplinærkomité og kommer til å gi dette en fullstendig vurdering internt før vi avgjør vår respons overfor UEFA, melder FA ifølge BBC.
Tryglet om nåde - uten resultat
Rooney sendte tidligere i uka et brev til UEFA og ba om nåde. Manchester United-spilleren presiserte at han har forbedret oppførselen sin de siste sesongene.
Før fredagens røde kort hadde han ikke blitt utvist for England siden VM i 2006.
- Les også:
– Dette blir en utfordring
England-manager Fabio Capello har varlset at når utestengelsen er over. Italieneren har nevnt Danny Welbeck, Daniel Sturridge, Andy Carroll, Bobby Zamora og Jermain Defoe som mulige erstattere.
Likefullt er Rooney Englands kanskje viktigste brikke.
– Dette blir en utfordring for Capello, skriver tidligere Englands-proff Jan Åge Fjørtoft på Twitter.
West Ham-manager Sam Allardyce tror England kommer seg videre fra gruppespillet selv uten Rooney.
– De kommer til å savne ham, men ikke så mye at det kommer til å koste dem avansement til neste runde, sier Allardyce til BBC.
Rooney mistet også starten av VM i 2006, da han var skadet. I kvartfinalen ble han utvist for det som så ut som en stempling mot Portugals Ricardo Carvalho og en dytt mo Cristiano Ronaldo.
Saken oppdateres.
Dommer Wolfgang Stark viser Wayne Rooney det røde kortet under kampen mellom Montenegro og England. Stark var imponert over hvor lite Rooney protesterte.
Foto: Darko Bandic / Ap
