Nordmannen slo til med en svært sterk spurt på den femte etappen, men ble slått med en meter av Cavendish i massespurten.
– Mark var i en liga for seg selv. Men det var ikke noen andre som tok meg, det er jeg fornøyd med, sier han til TV 2.
Onsdag var han og Team Sky kun tre sekunder unna en seier av lagtempoen.
Alexander Kristoff og Edvald Boasson Hagen var blant dem som satt i god posisjon inn mot målgang, men spurteksperten ble for sterk for Boasson Hagen.
Peter Sagan kapret tredjeplassen.
– Dette viste at jeg kan spurte. Jeg ga maks, og det var nesten nok. Jeg er fornøyd, men det er 1.-plassen som huskes, sier Boasson Hagen, som fortsatt ligger på 6.-plass i sammendraget.
Kristoff: – Litt skuffet
Kristoff tapte noen meter i spurten og havnet på 6.-plass.
– Med norske øyne var det en bra dag i dag. Jeg er litt skuffet over at jeg ikke fikk det bedre til i spurten, men jeg feilet litt de siste 500 meterne. Cavendish må du alltid regne med i slike spurter, sier han.
På den innlagte spurten viste Kristoff muskler, da han spurtet til åtte poeng foran Peter Sagan og Mark Cavendish.
Bare André Greipel var bedre da hovedfeltet kom til den innlagte spurten.
Lars Petter Nordhaug endte til slutt på 100.-plass.
Tidlig brudd
Som på de tre første etappene i rittet, ble det tidlig etablert et brudd på onsdagens femte etappe.
Yukiya Arashiro, Anthony Delaplace, Alexey Lutsenko, Thomas De Gendt, Romain Sicard og Kevin Reza hadde på det meste et forsprang på 14 minutter og 45 sekunder, men hovedfeltet hadde tilsynelatende god kontroll på utbruddet underveis.
Etter hvert ble imidlertid Sicard og Deleplaca hektet av, og som ventet ble de fire utbryterne hentet inn av hovedfeltet med rundt 10 kilometer igjen av etappen.
Dermed gikk det mot massespurt, og både Alexander Kristoff, Lars Petter Nordhaug og Edvald Boasson Hagen var godt plassert i hovedfeltet idet rytterne nærmet seg mål.
Massevelt
Men Cavendish ble altså for sterk.
I fjor vant briten også sin første Tour de France-etappe på den femte etappen. Onsdagens etappeseier var hans 24. etappeseier i rittet totalt.
– Jeg er virkelig fornøyd, nå er presset borte. Forhåpentligvis løsner det nå, sier han.
– Jeg vinner vanligvis ikke før femte etappe uansett, så alt er ved det normale.
Flere ryttere i hovedfeltet måtte for øvrig i bakken i den siste stigningen før mål. Christian Vande Velde ble sittende på bakken etter veltet, men etter en stund kastet han seg på sykkelen igjen.
Ingen av de norske rytterne var innblandet i uhellet.