Etappen på 194,5 kilometer gikk unna i et høyt tempo, men nordmannen var ikke til å stoppe i avslutningen, og vant spurten i gruppen bestående av 12-13 syklister.
Han knuste konkurrentene og tok førsteplassen foran italienske Andrea Guardini og belgiske Greg van Avermaet. På grunn av høyt tempo og kraftig sidevind splittet feltet seg opp i flere smågrupper.
Katjusja-rytteren viste dermed at han er i form og klar for sykkel-VM i Qatar neste år.
Kristoff leder nå Tour of Qatar sammenlagt. 27-åringen er ett sekund foran Tom Boonen som ble toer på søndagens åpningsetappe.
Også lagkamerat Sven Erik Bystrøm og Edvald Boasson Hagen, som sykler for TN Qhubeka, deltar i rittet.