Tidligere ble det meldt at 60 var drept, men dette tallet er nå nedjustert.
De fleste av de drepte skal være kvinner og barn, og eksplosjonen har ødelagt store deler av en fløy på sykehuset. Fløyen ble tidligere brukt til behandling av barn.
Ytterligere 120 mennesker skal ha blitt såret i angrepet.
– Umenneskelig
– De drepte er pasienter, besøkende, slektninger og sykehuspersonell, sier Din Mohammad Darwaish, talsmann for myndighetene i Logar, som ligger like sør for hovedstaden Kabul.
Helsedepartementet markerer sin avsky mot gjerningsmennene i uttalelsen.
– Denne umenneskelige gjerningen er unik i konflikthistorien i vårt land, og var rettet mot et sted der sår gror og pasienter mottar behandling.
SUV med eksplosiver
Det skal ha blitt observert en SUV lastet med eksplosiver utenfor bygningen. Selvmordsbomberen kjørte bilen, ifølge Darwaish.
– Det var en selvmordsbomber som hadde et sykehus i Azra-distriktet som mål, sier han.
Taliban nekter for at de har noe med bombingen å gjøre.
– Vi fordømmer dette angrepet som var rettet mot et sykehus. Den som står bak ønsker å sverte Taliban, sier talsmann for den islamistiske bevegelsen Zabiullah Mujahid og legger til at de har opprettet etterforskning for å finne ut av hvem som står bak.
– Vi har bedt om hjelp
Abdul Wali Wakeel som er leder i provinsrådet, sier at lokale tjenestemenn har kontaktet utenlandske styrker for å få hjelp til å evakuere sykehuset.
En talsmann for NATOs ISAF-styrke i Kabul sier imidlertid at han ikke har hørt noe om henvendelsen.
Afghansk politi og andre myndighetspersoner, så vel som utenlandske soldater, blir hyppig angrepet av militante opprørere. Men det er sivile som har lidd det største tapet i løpet av den ti år lange krigen. 2.777 sivile afghanere ble drept i fjor, ifølge FN.
Sykkelbombe
Angrepet er det andre store i løpet av to dager i Afghanistan. Fredag ble ti mennesker drept da en sykkelbombe gikk av på en travel basar i Khad Abad-distriktet i den nordlige provinsen Kunduz.
Eksplosivene skal ha vært plantet på en sykkel som sto parkert like ved en iskrembod.
Ekstrem terrortrussel
Samtidig som den angivelige selvmordsbomberen angrep sykehuset, møtes statslederne i seks land i regionen for samtaler om tiltak mot terrorisme. Under toppmøtet i den iranske hovedstaden Teheran opplyste Afghanistans president, Hamid Karzai, at terrortrusselen i landet er større enn noensinne.
Torsdag lanserte USAs president Barack Obama sin plan om tilbaketrekning av amerikanske soldater, og Karzai svarte med å love tiltak slik at myndighetene er rustet til å ta over ansvaret for sikkerheten i landet.
Allerede i neste måned skal noen av soldatene begynne å pakke sammen. Den samlede styrken på 100.000 amerikanske soldater skal reduseres til 90.000 i løpet av året. Innen utgangen av neste sommer skal 33.000 av soldatene ha reist hjem til USA.