Byene Jos og Maiduguri ble rammet av flere angrep julaften og 1. juledag.
I Jos ble det meldt om sju eksplosjoner på kort tid, og i Maiduguri ble minst to kirker påtent av en islamsk sekt. Det var antatt at rundt 40 mennesker omkom.
Dagen etter ble flere hus satt i brann i Jos, og politistyrker ble satt inn i gatene for å roe ned gemyttene.
Nigerianske myndigheter anslår nå at angrepene kostet 86 mennesker livet, melder nyhetsbyrået AFP.
– Vi har besøkt de fem sykehusene som har tatt imot døde og sårede fra eksplosjonene og sammenstøtene som fulgte i Jos. Tallene vi har samlet viser at 80 mennesker døde, mens 189 ble såret, sier myndighetenes talsmann Daniel Balarabe Gambo.
Politiet hevder dødstallene er mye lavere, men dette avviser Gambo.
To personer pågrepet
Nigerias president Goodluck Jonathan har fordømt angrepene på det sterkeste, og lover at de skyldige skal bli stilt til ansvar for ugjerningene.
I de første månedene i år var det en rekke alvorlige sammenstøt mellom kristne og muslimer i Nigeria, og særlig områdene rundt Jos ble hardt rammet.
Flere hundre mennesker ble drept i sammenstøtene, som fant sted i området der det muslimske Nord-Nigeria møter det kristne Sør-Nigeria.
Ifølge lokale menneskerettighetsgrupper er 1500 mennesker drept i Jos-området hittil i år, der politiske ledere er kjent for å fyre opp under etniske og religiøse motsetninger.
Ifølge en talsmann for forsvaret i Nigeria er to personer pågrepet i forbindelse med angrepene. Dynamitt og våpen skal ha blitt beslaglagt da de to ble arrestert i Jos mandag.
En nettside som tilhører en islamistisk sekt tok tirsdag på seg ansvaret for bombeangrepene, men politiet stiller seg tvilende til påstanden, skriver AFP.