Mono Jojoy, som egentlig heter Jorge Briceño Suárez, ble drept i kamp, opplyser en talsmann for det colombianske forsvaret.
Søndag ble minst 22 FARC-opprørere drept i sammenstøt med colombianske regjeringsstyrker.
- Les:
Dusør
Amerikanske myndigheter har tilbudt en dusør på fem millioner dollar for informasjon som kunne lede til en pågripelse av geriljalederen.
Jojoys død er det største nederlaget for geriljaen siden to av FARCs toppledere ble drept i 2008.
FARC ble dannet i 1964 og har fortsatt 8.000 geriljasoldater i aksjon. President Juan Manuel Santos har avvist et tilbud om fredssamtaler før FARC setter fri gisler de holder og slutter å rekruttere barnesoldater.
Både FARC, den andre venstregeriljaen ELN og de høyreorienterte paramilitære er dypt involvert i den lukrative narkotikahandelen.